《条例》第二十三条明确规定：单位为职工缴存的住房公积金，机关的，在预算中列支；事业单位的，由财政部门核定收支后，在预算或者费用中列支；企业的，则只能在本企业的经营成本中列支。也就是说：在单位缴费部分，机关、事业单位的职工和以企业职工为主其他职工的单位缴费来说，两类不同性质的单位，就有了完全不同的资金来源渠道，和完全不同的利益取向。
更通俗地说：1、机关、事业单位的住房公积金单位配套部分的缴费，由本级人民政府财政部门统一列入财政预算之中，由财政部门统一承担，财政部门只须按国家政策规定的比例，划转所需的资金即可。事实上，机关、事业单位往往是按政策允许的最高比例缴费。毕竟，住房公积金的个人缴费与单位缴费比例多数地方为1：1，在个人多缴的同时，政府也相应地多补，相当于给职工多发补贴或福利，还可以名正言顺地长年累月地补贴，多好的事情啊。
这大概就是体制内的财政供养人员的先天性优势吧。即使在有收入的定额补贴事业单位或者自收自支的事业单位，单位缴费部分也允许列入费用之中。2、企业及其社会组织的单位缴费部分，做为一项经营成本，只能由本单位承担。在此情况下，企业单位本身的营利能力、所有制性质、企业的法律意识水平等等，就成了决定性因素。这里不多说，你肯定懂得。
事实上，很多企业选择的缴存比例为最低标准：即职工上一年度月平均工资的5%而已。关于住房公积金的缴存比例，目前可见的政策是：单位和职工缴存比例最低不低于5%，原则上不高于12%（即双方合计缴存比例为10%至24%），具体标准由各地根据实际情况确定。也就是说：企业的住房公积金缴纳比例只有最低限制，上不封顶。
具体来说：按照《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）的规定，单位和个人在不超过职工本人上一年度月平均工资5-12%的幅度内的，实际缴纳的住房公积金，可以在个人应纳税所得额中扣除，即：享受免税待遇；同时，单位和个人超过12%的住房公积金，其实质是超过标准列支成本，减少企业的当期利润。
