听说皇帝跑了，南京城内人心惶惶，守城士兵不战而降。南京沦陷。弘光帝逃出城外后，投奔黄得功。当时左良玉已死，其子左梦庚率残部于江西投降了清廷。黄得功实际处于一种被清军两面夹击的境地。所以弘光帝的出逃，实际是从一个火坑跳入另一个火坑。后来，黄得功拒绝投降，率军抗清，在混战中阵亡。其部作鸟兽散。眼见大势已去，负责护驾的总兵田雄等人挟持弘光帝，向清军投降。
建立才一年的弘光小朝廷，以及明军仅存的有生力量，就这么没了。弘光政权覆灭后，逃到浙江的明朝宗室、官员找到潞王朱常淓，请求其监国。但潞王生性懦弱，不敢监国。随后，清军杀到，潞王举白旗投降。不愿意投降的宗室官员则继续逃命。按理说，皇帝被活捉，江浙沦陷，形势已经极度危急了。余下的人应该摒弃成见，精诚团结才对。
毕竟敌强我寡，已经没有内耗的资本了。但直到这时候，南明那帮人仍不知悔改。继续撕逼，并且进一步分裂。怎么撕呢？一部分人在福建拥立唐王朱聿键继位，是为隆武政权。这是南明的第二个小朝廷。另一部分人在浙江拥立鲁王朱以海监国。南明的这两个小朝廷，互看对方不爽，为了争夺正统地位，形同水火。1646年，趁着两个小政权互撕之际，清军一波攻击，攻下福建。
两个小政权一并被灭。鲁王朱以海被迫逃到海上。隆武帝则被郑芝龙绑了，送给清朝，沦为阶下囚。后与弘光帝和潞王朱常淓一起被清军斩杀。在隆武政权、鲁王政权陆续被歼灭后，剩余的南明宗室和大臣继续逃亡至广东，拥立桂王朱由榔于广东肇庆继位，组建朝廷。这便是南明的第三个小朝廷——永历政权。按理说，都惨成这幅模样了。总该可以消停了吧？应该要认真对付外患了吧？然而，还是没有。
就在永历帝继位不久后，另一帮南明大臣在广州拥立隆武帝的弟弟朱聿鐭监国。这一派人不承认永历政权，同时永历政权的人也不承认朱聿鐭的监国身份。两边都视对方为伪政权。广州距离肇庆很近，也就一百公里的路程。两个小朝廷都说自己是正统，且都不承认对方的合法性。接下来发生的事情，也就不用说太多了——内战。1646年底，见南明又在火并，还打得不亦乐乎。
清军再一次出兵清场。在清军的这波攻势下，绍武帝兵败自杀。永历政权则遭重创，被清军驱赶到了广西。形势发展到这里，南明控制的武装，基本是十不存一。也就万余人了。可以说，再不与农民军联手，怕是连大西南的土著部落都能把所谓的南明朝廷给灭了。于是，在认清了形势后，永历政权终于承认了大顺军、大西军是可以合作的盟友，并与之合作。
获得了近20万人的生力军。但是，当永历政权和大顺军合作，并取得了一些战果，如收复湖南、广东后。南明内讧的传统艺能又开始了。而内讧的结果，就是收复不久的地盘，再次沦陷。并且大顺军还自成一系，独立在三峡地区抗清，号称夔东十三家，只在名义上接受永历帝册封。不再直接听命于永历朝廷的指挥了。可以说，永历帝在做了四年皇帝后，被一帮作死的大臣作成了光杆司令。
1650年前后，见永历政权摇摇欲坠，盘踞在滇黔地区的大西军主动提出合作意向。对于要不要与永历帝合作，大西军内部其实有两种声音。一是主张把永历帝骗来，然后杀了。免得日后麻烦。二是主张迎奉永历帝，联明抗清。必要时候可以软禁，挟天子以令诸侯。在是否尊敬永历帝的问题上，孙可望和李定国有分歧。孙可望很想挟持永历帝。
但由于无论是否尊重，都得先迎奉永历帝到贵州。且永历帝此时也没有拒绝大西军的资本了。于是，大西军余部与永历政权也就展开了合作。前面说了，永历帝与大西军合作前，已经是光杆司令了。他与大西军，名义上合作，实际上是寻求庇护。所以合作不久后，孙可望就派人请封，要求永历帝正式封他为秦王。孙可望的这个请封，其实很合理。
因为在与永历帝合作前，孙可望与李定国，就已经自立为王了。大西军平时都是以“国主”称呼孙可望。合作前是“一国之主”，合作后，如果连王爷都不是。孙可望还怎么带兵？大西军的将士会怎么想？然而永历帝身边的人大臣在一番讨论后，认为明朝没有封异姓为亲王的先例，竟然直接拒绝孙可望的请求，只同意封孙可望为景国公。这简直是作大死！从这件小事上就不难看出，南明灭亡，真不是清军有多能打。
