接着，毒蟒又出现在杨过身前，口中还衔着一根两三尺长的树枝，枝上没有叶子，只缀了三枚红艳艳的果子。果子只有婴儿拳头大小，刚才那种芳香之气，就是从这三枚果子上散发出来。毒蟒游向点了几下头。杨过微微一笑，伸手接过了那根树枝，心想这果子对毒蟒来说应是十分珍贵，说不定它与大雕剧斗，就是为了保护这几个果子。不过，这毒蟒显然也是知恩图报之辈，懂得拿自己珍贵之物来报答于他。
杨过看了看毒蟒，又转头看看大雕，心想正好三枚果子，怕是天意如此。于是他先摘下一枚果子，送到了毒蟒口中，接着又把第二枚果子给了大雕。至于最后一枚，自然是放入了自己口中。果子甫一入口，尚未咀嚼，已全部化为一股清凉的汁液，进了喉咙。在这一刹那间，杨过感到全身的肌肉、骨骼和血液，以及五脏六腑，乃至十二正经和奇经八脉，都在不停地欢呼雀跃，飘飘欲仙。
这种奇妙的感觉，足足维持了半炷香的时间，才慢慢减弱。杨过福至心灵，明白这果子一定是什么了不得的天材地宝，当下便盘坐于地，运功吸收。如此过了一个时辰，杨过将“玉女心经”、“九阴真经”、“蛤蟆功”、“全真内功”等自己会的内功心法，全部运行了三十六周天。他惊喜地发现，每经过一周天，自己体内的真气便增加一分，待运功完毕，真气已经增加了两倍有余。
看到真气如此充裕，杨过心念一动，便开始冲击任督二脉，竟然毫无滞涩，一蹴而成，晋入了无数武者梦寐以求的先天境界。至此，杨过不用刻意运功，已可通过吸收天地之间的能量，使真气不断增加，永无不继之虞。杨过运功完毕，只觉畅意之极，忍不住发出一声悠远的长啸，引得山鸣谷应，久久不绝。此时月已西沉，东方微明，杨过看自己的手臂，已变得晶莹如玉，和姑姑的肤色一般。
不由想起两人在古墓朝夕相处的时光，心里感到一阵甜蜜。又想起幼时黄蓉教他读诗，李商隐一首《无题》中最后两句说“此情可待成追忆，只是当时已惘然”。暗道自己实在后知后觉，没有早日明白姑姑的心意。想到此处，蓦然发觉情动之际，情花毒竟没有发作半分，实在奇怪。当日，杨过服了半枚“绝情丹”，得以暂时压制住体内的情花之毒。
不过他试过，若是情动于衷，全身仍会隐隐作痛，绝不似现在这般毫无反应。思来想去，应是服食那枚果子之故。想到这里，杨过转而查看大雕和毒蟒，只见两者也发生了巨大的变化。大雕原本羽毛黄黑斑杂，翅膀也很短，如今已变得全身乌黑，翅膀展开已有一丈多宽。而毒蟒此前双目被大雕啄瞎，身上多处受伤，此刻已全部恢复，而且身上再也没有了腥臭之气。
杨过猜得不差，毒蟒衔来的果子，正是传说中的三百年开花、三百年结果，还要三百年才完全成熟的朱果。寻常人食用一枚朱果，足以祛除百病，延寿百年。若经练武之人运功吸收，至少能增加一甲子的功力，且轻松臻至先天之境。独孤九剑此时，大雕和毒蟒都已将朱果吸收完毕。毒蟒向杨过点了点头，转身消失在了草丛中。而大雕正在用新长出的巨翅，试着让自己飞起来。
它试了好几次，都是飞到一丈来高、七八丈远，便歪歪斜斜地下来。杨过在一旁看了一会儿，发现影响大雕飞行的，应该是它头顶的那个大肉瘤，便叫了大雕过来，与它指手画脚的商量了一番。大雕服用了朱果之后，灵智再有长进，听杨过说完，竟低下头去，示意杨过将大肉瘤割除。杨过略作思忖，便用君子剑将大雕的肉瘤割了下来，然后迅速拿出金疮药，帮大雕止了血。
没过一会儿，红日初升，天色大明，大雕又去试飞。杨过却忽然发现割下的肉瘤之中，似有一块两个指头肚大小的硬物，拿到手中一看，是一个用蜡纸包裹的东西。杨过一连拆开七层蜡纸，终于看清楚裹在最里面的，是一张薄如蝉翼的细绢。细绢展开后足有两尺见方，上面画满了字迹和人形。右侧最靠前的四个字用行楷写成，正是“独孤九剑”。
接着是数十个字，说明了“独孤九剑”的来历。大意是一位叫做独孤康的人，一生专致剑道，最终杀尽仇敌，败尽英雄，欲求一败而不可得，乃改名为“独孤求败”，隐居荒谷，埋剑于冢，只与一只大雕为伴。临终前，独孤求败将自己一生剑道精华，著成一门“独孤九剑”，藏于大雕头顶肉瘤之中，只待有缘之人发现。杨过看独孤求败说“独孤九剑”可以破去天下一切武功，心中犹自不信，但当他从“总诀式”、“破刀式”等一式式看下去，便不由得不认为这位独孤前辈并无夸大。
特别是他提出的“无招胜有招”、“无剑胜有剑”的武学理念，令杨过深为拜服，忍不住按照其中所述，一一演练。他本来武学天分就高，又刚服食了朱果，脱胎换骨，晋入先天之境，因此练起这“独孤九剑”来，可说是得心应手，水到渠成。只是短短一个时辰过去，已得了剑法七分精要。神雕侠侣他心中有事，便将练剑之事暂时搁下，准备去寻找李莫愁和郭襄。
他想和大雕告别，可环顾四周，不见大雕踪影。他心中一动，抬眼一望，果然见到头顶极高之处有一个黑点。显然是在他练剑的同时，大雕已可翱翔天空。杨过仰天长啸，大雕闻声俯冲而下，落在杨过面前，并示意杨过上它背上。杨过不忍拂了大雕美意，便乘在了它的背上，跟着它冲天而去。大雕飞到数十丈的高空，肆意翱翔，杨过乘在大雕背上，如坐在马车一般安稳。
眼看地面上人群如蚁，往来聚散，心道世人熙熙攘攘，追名逐利，又何如他现在一样逍遥自在。等救回郭襄之后，自己找到姑姑，一定要与她乘着大雕，看遍大好河山。想到此处，忽然看到下方一处山林中闪过一点黄影，便让大雕飞了下去，落地一看，果然是李莫愁。李莫愁看着一只大雕忽然出现在眼前，登时吓了一大跳。下一刻，李莫愁感到十几道凌厉的劲力袭来。
她挥舞拂尘，勉强挡住其中三道，却被剩余的几道，点中了九处要穴，全身僵硬不动。这时，大雕身后闪出一个少年，正是杨过。方才他牛刀小试，以“弹指神通”攻向李莫愁，发现这位昨天还让自己头痛无比的女魔头，已变得不堪一击。杨过微笑着警告李莫愁，若她此后再度为恶，自己必定会废去她一身武功，把她交给她的仇家。然后，杨过抱起小郭襄，乘着神雕飞天而去。
杨过将小郭襄送回郭靖府中，便乘雕去寻小龙女。十几日后，杨过在蜘蛛洞外发现了金轮法王和潇湘子、尹克西、尼摩星等人，心想自己和郭伯伯差点儿死在他们手中，便纵雕落下，话也不说，上来便是一式“破箭式”，分击四人。杨过只有一人一剑，但四人都觉得自己才是他的目标，纷纷全力阻挡。结果潇湘子三人功力不足，都被杨过一剑点中眉心，当场毙命。
只有金轮法王金轮一挡，被击飞至七丈开外，重重撞在山壁之上。金轮法王仰天吐出一大口鲜血，准备站起身来，却发现自己已筋脉俱断，真气溃散，已然成了一个废人。这时，蜘蛛洞中跑出一人，白衣飘飘，双手各持一剑，正是杨过念兹在兹、无时或忘的小龙女。小龙女刚在洞中跟周伯通学了“双手互搏”之术，准备与金轮法王等人背水一战，忽然听到洞外打斗之声，出洞一看，四个敌人已全部倒在地上，而那个让自己魂牵梦萦的少年，正笑盈盈的站在自己面前。
此后，杨过和小龙女携手闯荡江湖，行侠仗义。因他们喜欢乘着一只神俊非常的大雕，所以被人称为“神雕侠侣”。十年后，杨过和小龙女带着一双儿女来到岘山无名荒谷。杨过指着一处荒野说，那里就是自己遇到神雕和毒蟒大战之处。他正说着当日情景，忽听一阵“哧溜”声响，一条巨蟒从草丛中爬了出来，口中像当日一样衔着一枝红艳艳的朱果。
