1645年的形势，大顺的东面、北面都是清朝势力范围，顺军不可能往这两个方向突围。南面的四川是张献忠地盘，也不可能去。西面是瓦剌地盘，以顺军的情况，先不提打不打得过人家，就说跨过大沙漠，那也是个死亡之旅。看来看去，也就只有往东南方向突围，先退到荆襄，然后拿下南京，才是上上策。做出决定后，李自成于当晚撤离潼关。
只留下七千顺军继续镇守。正月十二日，留守潼关的顺军将领派人向清军投降，潼关城失守。不过，潼关的顺军守将是假装投降，实际上是想趁机配合李自成内外夹击，击破多铎。但不料，顺军的计划被多铎获悉。正月十三日，多铎以打猎为名，在潼关郊外的金盆口设伏，然后谎称举行宴会，把七千顺军的马匹器械全部解除。最终，这七千多顺军被清军全部屠杀。
多铎屠杀潼关顺军的同一天，李自成、刘宗敏等人回到西安。回去的当天晚上，他们就带领兵马、部分文职官员、家属和财物，总计十三万人，按预定计划撤出了关中。五天后正月十八，多铎率军占领西安。不久，从陕北方向突击的阿济格部也抵达。两路清军会合后，多尔衮随即下令，阿济格负责对李自成进行清剿。多铎不再参与后续对顺军的行动，改为攻击南明。
阿济格领命后，兵分两路，一路对留守关中和甘肃的顺军，也就是未来得及随李自成一起撤退的顺军进行清剿。一路沿着李自成退却的路线，进行尾随追击。由于清军的动作很快，第一时间截断了李自成和留守西北的顺军之间的联系。因而顺军也就因此被迫分成了东、西两路军。东路军是李自成从西安带出来的十三万人。西路军是李自成侄子李过（李过虽然是李自成侄子，但年纪比李自成大）和大将高一功率领的陕北、甘肃顺军，约十万人。
李自成这边，他经商洛退到河南后，继续向南转进，抵达襄阳。但他刚抵达襄阳不久，阿济格的追兵就杀到了河南邓州。这时候，李自成面临一个抉择。在荆襄四府，他还留了七万人。这是原本拿来防备左良玉的。他现在计划东征南京，这七万人要不要也一起带上？如果带上，他拿下南京的把握会大一点。但荆襄四府，就只能放弃了。如果不带，他能有一个还算稳固的后方。
并且这七万人还能顶一阵子，为李自成东征南京争取时间。但这样一来，李自成想拿下南京的把握就不大了，因为不算上南明的江北四镇，单单镇守武昌的左良玉部就有七十万人。（当然大多数都是家眷）李自成从西安带来的十三万人，也是算上了家眷的数字。真实兵力还不到十万。用几万人PK几十万人，李自成没把握。而李过、高一功那边，由于大路被截断，只能绕道汉中，走蜀道，再顺长江东下荆襄。
路途遥远不说，而且汉中的顺军还反水投降了清朝，对李过、高一功进行截击。李自成短时间内指望不上这一路顺军与自己会合。于是在斟酌再三后，李自成决定赌一把：放弃荆襄，带上留守荆襄的七万顺军，集中全力对南京发动猛攻。李自成的命令下达后，顺军将领齐声反对。反对理由前面说了，一旦放弃荆襄四府，顺军就又会回到无后方作战的流寇形态。
并且，如果攻击南京不利，清军又从荆州方向截断顺军的退路。到那时候，顺军就会陷入进不能进，退无可退的地步。这么干的风险太大了。很显然，众人的反对是有道理的。自古以来，不管是守江南，还是取江南，首要前提都是先据守江南上游的荆州。否则长江下游就缺乏屏障，即便攻克了南京，也很难守得住。李自成占据了荆襄，可以顺长江东西，攻克江南地区。
他把荆襄拱手送给清军后，难道阿济格就不能原封不动的再来一次东征吗？所以说，李自成放弃荆襄，导致清军能立即追上他，绝对是昏了头的决定。可是李自成不听劝，一意孤行。最终顺军还是把荆襄四府拱手让给了清军。1645年三月底，李自成攻下武昌。在此之前，守武昌的左良玉借口接到崇祯皇帝“太子”得密谕，以“清君侧”的理由，放火焚毁武昌，先李自成一步，东征南京。
所以，李自成占领的武昌，只是一座被焚毁殆尽的空城。二十万顺军在当地别说是征集粮草了，就连住的地方也没有。而在同一时间，清军也如顺军将领们预言的那样，尾追而来，轻松占领荆襄，抄了大顺军最后的一块根据地。让大顺军又回到了流寇作战状态。在这种情况下，李自成的部队军心涣散，毫无战斗力可言。1645年四月，清军追兵杀至武昌。
