统治后期继续实行闭关锁国政策，与西方列强的差距进一步拉大，清朝逐渐由盛转衰。乾隆六十年（1795年），乾隆帝禅位于第十五子颙琰。嘉庆四年正月初三（1799年2月7日）太上皇卒于养心殿，享年89岁。庙号高宗，葬清东陵之裕陵。清仁宗颙琰，清朝第七位皇帝，清朝入关后的第五位皇帝，年号嘉庆，嘉庆帝在位前四年并无实权，直到上皇乾隆帝去世后才开始亲政独揽大权，在位初期，铲除大贪官和珅，但嘉庆的能力远不如其父皇乾隆，不仅吏治败坏贪污成风，而且与西方国家的差距越来越大，统治期间发生了白莲教之乱，八旗生计、河道漕运等问题也日益凸显，鸦片开始流入中国，清朝衰弱迹象明显。
嘉庆二十五年(1828年)驾崩，终年61岁，庙号仁宗，葬清西陵之昌陵，由第二子旻宁继承皇位。清宣宗旻宁，清朝第八位皇帝，清朝定都北京后的第六位皇帝，清朝唯一一位以嫡长子身份继承皇位的皇帝，年号道光。道光皇帝在清中后期算是有为之君，在位期间，整顿吏治，整厘盐政，通海运，平定张格尔叛乱，严禁鸦片，力行节俭，勤于政务，但其才略有限，社会弊端积重难返。
鸦片战争爆发后清朝战败，道光帝卑膝求和，签订了丧权辱国的《南京条约》，执政后期拒绝变革，苟安姑息，清朝的统治已是危机重重。道光三十年(1830年)驾崩，享年69岁，庙号宣宗，葬清西陵之慕陵，遗命四子奕詝继位。清文宗奕詝，清朝第九位皇帝，清朝定都北京后的第七位皇帝，年号咸丰，是清朝及中国历史上最后一位握有统治权的皇帝。
咸丰帝在位期间，虽勤于政事，大手笔对朝政进行改革，欲挽救清朝于内外交困之中，但无奈积弊重重，收效甚微。在位期间太平天国起义爆发，他起用曾国藩、左宗棠、李鸿章等汉族官僚镇压起义。此时的大清帝国内忧外患不断，大量的不平等条约都签订于咸丰年间。咸丰帝于咸丰十一年(1861年)病逝于承德避暑山庄，享年31岁，庙号文宗，葬于定陵，其子载淳继承皇位。
清穆宗载淳，清朝第十位皇帝，清朝定都北京后的第八位皇帝，年号同治。同治帝并无实权，由两宫太后垂帘听政，大小政务皆决于东、西两太后。同治帝在位期间，清政府依靠曾国藩、左宗棠、李鸿章等汉族官僚镇压并剿灭太平天国和捻军起义。同时，清朝还平定陕甘回乱，实行洋务新政，清朝后期出现了一段难得的政治稳定时期，史称“同治中兴” 。
同治十三年(1874年)，年仅19岁的同治帝驾崩，庙号穆宗，葬清东陵之惠陵，同治帝无子，醇亲王奕譞之子载湉被议立为皇帝。清德宗载湉，清朝第十一位皇帝，清朝定都北京后的第九位皇帝，年号光绪。光绪在位的前七年，由慈安、慈禧两宫太后垂帘听政，慈安去世后，慈禧独揽大权一人听政，光绪帝虽于光绪十五年(1889年)开始亲政，但大权依然掌握在慈禧手中。
光绪帝在位期间，颇思有所作为，但无奈慈禧处处掣肘压制。中日甲午战争清朝惨败后，光绪帝痛定思痛要维新变法搞改革，结果又在以慈禧为代表的保守派的压制下变法百日而亡。光绪帝倚重袁世凯，结果反被袁世凯出卖，被慈禧幽禁于西苑瀛台，光绪三十四年(1908年)光绪帝暴崩，享年39岁，庙号德宗，葬于清西陵之崇陵。光绪帝无子，恭亲王载沣之子溥仪被立为皇帝。
末代皇帝溥仪，溥仪是中国历史上最后一位皇帝，年号宣统，所以也叫清废帝或宣统帝，溥仪即位后，由隆裕太后和摄政王载沣共同执掌朝政。此时的清朝，已是风雨飘摇行将覆灭，随着各地革命运动的兴起，南方多省宣布脱离清朝的统治，宣统三年(1911年)武昌起义爆发，革命之火燃遍全国。1912年2月12日，在袁世凯保证退位后会优待清室的承诺下，隆裕太后临朝称制，以太后名义颁布《退位诏书》，《退位诏书》中说“特率皇帝将统治权公诸全国，定为立宪共和国体，近慰海内厌乱望治之心，远协古圣天下为公之义”。
宣统帝退位后，得暂居紫禁城，民国政府每一年支付400万以资所用，清朝至此灭亡，世间再无皇帝。综合，清朝十二位皇帝的先后顺序分别是:清太祖努尔哈赤（后金天命汗）；清太宗皇太极（后金天聪汗，改国号为清后年号崇德）；清世祖福临（年号顺治）；清圣祖玄烨（年号康熙）；清世宗胤禛（年号雍正）；清高宗弘历（年号乾隆）；清仁宗永琰，后改顒琰（年号嘉庆）；清宣宗 绵宁，后改旻宁（年号道光）；清文宗奕詝（年号咸丰）；清穆宗载淳（年号同治）； 清德宗载湉（年号光绪）；清废帝溥仪（年号宣统）。
