每一次，他跟随李世民作战，英勇且不输谋略，是李世民的左膀右臂。若是没有秦琼，李世民要想打赢，还要费很多心力。从功劳上看，李世民登基前，秦琼就算不是数一数二，也起码是前10名。然而，李世民给秦琼的待遇，在功臣里，却连前20名，都比不上。李世民给秦琼的待遇李世民给秦琼的待遇，和他的功劳相比，实在有些不对等，主要表现在以下几个方面：其一，在食邑上，秦琼在功臣里基本属于最少的一等。
秦琼食邑七百户，在功臣里，几乎算是最少的一批。 举个例子。李世民登基后，对长孙无忌、房玄龄、杜如晦、尉迟敬德等人的封赏，都是食邑1300户。而功绩非常一般的张公谨、侯君集，李世民也爽快给他们册封将军，食邑1000户。建成、元吉之诛也，君集之策居多。太宗即位，迁左卫将军，以功进封潞国公，赐邑千户，寻拜右卫大将军。
（《旧唐书·侯君集传》） 李世民对其他人异常爽快，可到了秦琼这里，却只是食邑700户，实在有些少了。 其二，在仕途上，李世民登基后，秦琼基本是个消失的状态。李世民当上皇帝后，将原本秦王府里的亲信，都进行了重用。而这些人，基本上都成了贞观之治的肱骨大臣。尉迟敬德懂武不懂文、性格跋扈嚣张，可李世民对他非常包容，还派他去当了重要的地方官、监修洛阳老君山、征讨过高句丽……然而，能文能武的秦琼，却一直寂寥无名。
李世民登基后，他的仕途，基本处在消失状态，在史书上留下的记载，也只有寥寥数语。史书记载，李世民登基后，秦琼逢人就说，自己戎马一生，屡受重伤，如今经常重病难以起身。“我戎马一生，经历大小战斗200多阵，多次受了重伤，前前后后流的血都有好几斛，怎么能不生病呢？”其后每多疾病，因谓人曰：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。
计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”（《旧唐书·秦琼传》） 称病，是秦琼后期的主旋律。一个战功赫赫的亲信，需要四处称病，大抵只有2种可能：一是他自己不愿上朝，称病当借口；二是李世民不愿意见到他上朝，他明哲保身，称病当幌子。无论是哪种情况，都指向了四个字：君臣离心。其三，秦琼的排名，是凌烟阁二十四功臣之末，明显不对劲。
李世民对自己的亲信，都有一套标准流程：死后册封、陪葬皇陵、入住凌烟阁。贞观十七年，李世民亲自挑选24位功臣，入驻凌烟阁。功臣的排序，不按功劳大小，而按官职大小。在贞观十七年以前去世的人，会按照追赠的官职进行排序。按照旧例，追赠的官职，一般比活着的官职，要高许多。然而，即便这样，秦琼仍然被排在了凌烟阁二十四功臣的最后一位。
