公元638年，秦琼病死的消息传来，李世民立刻追赠他为徐州都督，并赐他陪葬昭陵。为了彰显秦琼的战功，李世民还特地在他的墓葬前造了石人马，以表彰他的战功。 十二年卒，赠徐州都督，陪葬昭陵。太宗特令所司就其茔内立石人马，以旌战阵之功焉。（《旧唐书·秦琼传》） 第三件：修建凌烟阁，将秦琼纳入其中，受后人敬仰。
据《旧唐书》记载，贞观十七年，李世民修建凌烟阁，特意将已经去世的秦琼，纳入凌烟阁二十四功臣之列，让其受后人敬仰。十七年，与长孙无忌等图形于凌烟阁。（《旧唐书·秦琼传》）乍一看，李世民似乎对秦琼挺好的。秦琼活着的时候，李世民给他加官进爵；秦琼死后，李世民让他陪葬皇陵；修建凌烟阁，李世民还记得把他列入二十四功臣行列，给他死后哀荣。
可是，如果综合秦琼的功绩、其他功臣的待遇来看，李世民对秦琼的这点好，就显得有些“小家子气”了。细看历史，从公元626年，到公元638年，秦琼都是左武卫大将军，食实封七百户，从未有过任何变化。相比秦琼的功绩，他所受到的优待，真的是少得“可怜”。秦琼的赫赫战功秦琼没什么背景，是真正靠着白手起家，而名垂千古的人。
在归顺李世民之前，秦琼跟随了好几任首领：隋朝强将来护儿、齐郡通守张须陀、据守虎牢的裴仁基、隋末割据群雄之一李密、王世充……他是有真本事的人。曾摧毁过卢明月的营寨，征讨过孙宣雅，击退过宇文化及。在混乱割据的隋末年间，秦琼的军功，处处展现着过人的本事。公元619年，秦琼不耻于王世充的奸诈，和陈咬金等人一起，投奔了李唐。
刚投奔李唐，秦琼就被安排到了李世民的府上，正式成为李世民的亲信。在李世民麾下，秦琼的战功更是非常卓著。归顺后的第一年，他跟随李世民征讨河东，一举击破宋军（宋金刚）大将尉迟恭，斩首两千余人；归顺后的第二年，秦琼趁胜追击宋军。此后，宋金刚大败逃走，尉迟恭则带着军队献城投降。敬德、相率众八千来降，还令敬德督之，与军营相参。
（《旧唐书·李世民传》）这一年，秦琼还是李世民攻打王世充的先锋之一。他带领千余人队伍，让敌人闻风丧胆，大振本军士气。秦王世民选精锐千余骑，皆皂衣玄甲，分为左右队，使秦叔宝、程知节、尉迟敬德、翟长孙分将之。乘机进击，所向无不摧破，敌人畏之。（《资治通鉴》）归顺后的第三年，李世民和窦建德打仗，秦琼带领数十名精锐骑兵，直接冲破窦军大阵，绕道后方举起唐军旗帜，导致窦军军心涣散。
可以说，秦琼的勇猛，是唐军胜利的关键。从讨王世充，每为前锋。太宗将拒窦建德于武牢，叔宝以精骑数十先陷其阵。（《旧唐书·秦琼传》） 归顺后的第四年，秦琼跟随李世民在河北平叛，一举击破刘黑闼，肃清了窦建德旧部。二月，刘黑闼引兵还攻洺水，癸亥，行至列人；秦王世民使秦叔宝邀击，破之。（《资治通鉴》） ……可以说，秦琼不是花拳绣腿，而是战场上实打实的功夫。
