而且大蛇丸离开之后三代就再也没有派人去找过大蛇丸的麻烦了，足以看出其实三代还是比较爱护大蛇丸的，并不想让他这个弟子就这样陨落。 罪魁祸首团藏大蛇丸还在木叶研究禁术的时候所研究的方向虽然说已经触及到了禁忌忍术了，但是却还没有造成太多的惨剧。本来当时战争才刚刚结束，而用俘虏来做一下人体实验也并不是不可以接受的事情。
大蛇丸在木叶的地位也可以算的上是一人之下万人之上的，所以说大蛇丸之所以会被列为木叶追杀肯定是他做了什么天怒人怨的事情。而大蛇丸在木叶做的唯一一个伤天害理的实验就是为了人造木遁忍者而在一百个婴儿的身上做实验了，木叶的高层之所以会追杀大蛇丸估计也是因为这个原因。但是实际上大蛇丸对于初代细胞并不是很感兴趣，对此感兴趣的人是团藏。
所以很可能事情的主谋应该是团藏，大蛇丸也是在团藏的授意下才会进行这个实验的。而且凭大蛇丸的能力也根本不可能找到一百个婴儿，但是团藏手下的根却是有这个能力的。团藏应该是授意大蛇丸了研究，在事情败露之后拿大蛇丸来当替罪羊，大蛇丸无奈之下也只能逃离木叶了。 大蛇丸对此的态度大蛇丸看似是想要报复木叶但是实际上大蛇丸对于木叶应该也还是有感情的，毕竟是自己出生长大的地方，所以说即使是在和砂忍村一起谋划的时候大蛇丸的真实目的也只是想要找三代要一个说法而已。
因此大蛇丸才会杀了风影，只要这样砂忍村才不会对木叶造成太大的破坏。而大蛇丸在和三代战斗的时候还特意让几个手下布置了四赤阳阵，就是为了防止其它人来打扰他和三代直接的战斗，这其实也是大蛇丸和过去的了断之战。对于木叶这个地方大蛇丸并不排斥，他真正想不通的应该是三代才对。本来十分疼爱自己的师傅为什么会派人追杀自己，其实三代也是迫不得已的，站在他的立场，有大蛇丸这样一个弟子应该也是十分头疼的话。
所以在无奈之下才会选择派自来也去抓捕大蛇丸。而且三代应该是知道木叶的生活并不适合大蛇丸，大蛇丸离开木叶的话反而会过的更好，所以三代对于大蛇丸还有良苦用心的。而团藏一直都是隐藏的最深的那个人，在大蛇丸来木叶闹事的时候团藏根本就没有出现。一方面团藏应该是想要坐山观虎斗，要是三代真的被大蛇丸打倒的话那他就可以光明正大的继承三代的位置了。
为什么到《博人传》大蛇丸还是得不到木叶的信任？
这个问题总体来说是因为大蛇丸对木叶造成的伤害太大了，可以说，只要大蛇丸有什么异动，木叶马上就会痛下杀手。大蛇丸曾经是木叶叛忍，而对于叛忍的处决方法就是抓回去判刑，严重的处以死刑。大蛇丸不但叛逃了木叶甚至还想要毁灭木叶。在中忍考试中杀死风影替代他出席考试，并鼓动沙之国与火之国的战争。大蛇丸弑师，以失去双手的代价杀害了第三代目火影，并且诱惑佐助叛逃。
大蛇丸进行了大量的人体实验，抓了许多人，甚至灭绝了一个种族的人，就为了获得力量，研究永生和忍术的奥秘。遭到了佐助的反噬，“失踪了”好几集。后来在忍界大战时候洗白，复活了从初代到四代的火影。长期的实验使他掌握了最高科技，虽然他犯下了滔天罪恶，想要杀死他也是非常难得，世界大战刚刚结束，为了免除风波，只能将他扣押。
大蛇丸真的很弱吗，为什么那么多人觉得他不行呢？
实力成谜、设定崩坏的大蛇丸！真真的被岸本算计了他以前想当吹动风车的风，住在每个节骨眼上时刻掌握热点方向，活得像个营销号。就是那种什么破事都跟他有关系，但大蛇丸这个角色在岸本手下就像一个工具，连工具人都算不上。在火影前期战斗力还没有崩坏的情况下，他的工具属性已经暴露无遗。一开始，凑三忍名号给自来也做铺垫，然后杀了三代给纲手上位当火影做铺垫，接着训练佐助为后期忍界大战做铺垫，仿佛每件事都与大蛇丸有着密不可分的关联。
但与此同时，大蛇丸的戏份相较之下都少得可怜，他所有的功绩和实力就只停留在“传说中的三忍”，和一堆普通忍者的嘴里。到了中期岸本更是丧心病狂的压榨大蛇丸。佐助该上位了？打大蛇丸！鼬该神化了？打大蛇丸！仿佛人人都能照着大蛇丸的屁股踹一脚。这跟前期铺垫的“三忍”名号差距也太大了，不得不说蛇叔你也太惨了！同为三忍，自来也在前中期的表现，有多亮眼就不用说了，就连大家公认的三忍中最弱的纲手，都在与佩恩和宇智波斑的战斗中有亮眼表现。
