这样既可以避免打草惊蛇，麻痹朱棣。同时还不使朱允炆丢人，显得吃相太难看。据说齐泰当时听了黄、方二人的话，简直要晕了。这俩怕不是读圣贤书读傻了吧？削了一个又一个，朱棣就算是个瞎子也能猜出来建文帝是什么意思啊！于是齐泰就坚决不同意，但黄子澄和方孝孺的脾气也都很倔，他们觉得自己是对的，也是坚决不让步。最后可能是考虑到齐泰只是爷爷临死前安排的人，与自己的关系相对疏远。
而黄子澄毕竟是朝夕相伴的老师，关系相对较好。所以朱允炆便采纳了黄子澄和方孝儒的意见，先从实力稍弱的周王朱橚下手，放过了朱棣。▲朱棣之后的事情就简单了。眼看着兄弟们一个一个被干掉，尤其是自己亲兄弟周王朱橚被莫名其妙坑掉后（朱橚本无劣迹，是黄子澄和方孝孺为了收拾他，想了一个馊主意，让朱橚的次子检举揭发他爹谋反，说事成之后让他袭爵。
结果朱橚就这么被坑了），朱棣明白自己铁定是一死。在心里已对大侄子不抱有任何幻想。不过他当时也没有造反。因为一方面，他手上没兵，造反成功率不大。另一方面，他的三个儿子还在南京做人质，他造反了，儿子们的脑袋也该被砍了。然而，朱棣是想瞌睡了，偏偏就有人给他送枕头。建文元年五月（当时已废四王），齐泰对朱允炆说：事情都到这个地步了，再掩饰已经没有意义，不如逮捕朱高炽、朱高煦、朱高燧，正式向朱棣摊牌。
结果黄子澄又出昏招，他对朱允炆说：万万不可，抓了燕王三子，燕王就知道我们要对付他了。不如放燕王三子回去吧，可以麻痹朱棣。齐泰一听当场又要吐血，反对！你当朱棣是傻子啊？不能放！这是放虎归山。结果朱允炆再次站在了老师一边，放走了朱高炽兄弟三人。等到儿子们回到北京后，朱棣再无牵挂，遂即就以奉天靖难，讨伐建文帝身边的奸佞小人为名义，扯旗造反，掀起了“靖难之役”。
起兵后，朱棣身边开始一共只有几千人，但通过对北京周边的“搜刮”，凑出了几万人。朱允炆一看自己老叔这么有本事，然后他就慌了，他在没有做任何准备的情况下，令老将耿炳文率十三万大军征讨朱棣。大军临行前，朱允炆对耿炳文说：勿使朕有杀叔之名。这话的言下之意是：不要弄伤，尽量直接在战场上弄死就完了。基本就是既要当啥，又要立那啥。
耿炳文这个人，善守，不善攻，让他固守一座城，他能圆满完成任务。但让他攻，他就不擅长了。再加上建文帝的厚黑言论，耿炳文不想当枪使，所以讨逆第一战，耿炳文大军输得很惨。明军锐气尽丧，被迫以优势兵力防御，不敢再出击。朱允炆听说耿炳文惨败，他又慌了，慌不择路之下，他又听了老师黄子澄的馊主意，临阵换掉了耿炳文。
为啥说黄子澄这次又出了馊主意呢？因为换掉耿炳文没问题，可是新换上的大将要比他强才可以啊！然而，黄子澄居然让不知兵事，且纨绔至极的李景隆为将，这可不就是妥妥的出馊主意了。朱棣听说耿炳文被换下，起初很高兴。李景隆是个什么货色，他很清楚。不过他又听说李景隆这次是带着五十万大军来的，他也急了。于是他在部署完前线的防御工作后，亲自偷袭大宁卫，活捉宁王朱权以及他的八万铁骑。
（即朵颜三卫，均为蒙古骑兵，相当于雇佣兵，战斗力极强）。兵力骤增后，朱棣亦不再惧怕李景隆。李景隆听说朱棣跑去大宁了，就集中几十万大军围攻北京，当时北京只有一万人，由后来的明仁宗皇帝朱高炽统领。然而就是区区一万来人，最后硬是抗住了李景隆的围攻。朱棣摆平宁王的兵马后，火速回师，当时李景隆围攻北京失利，正打算撤。
朱棣此时突然杀出，杀得李景隆丢盔弃甲，连退了几百里，一溜烟逃到了山东德州，准备等到来年开春再北上攻打北京。建文二年四月，李景隆率六十万大军再次誓师北上，与朱棣在白沟河开战。结果明军不仅再次大败亏输，而且输得极其诡异。为什么说诡异呢？因为正当明朝政府军打得朱棣半死不活时，突然莫名其妙不知道从哪里刮了一阵妖风。
