及至新航路发现后，他们将目标转移到亚洲。明末清初之际，欧洲的传教士来到中国。当时中国文化优越，不易受外界文化的侵蚀，传教士只有尊重中国固有的习俗与文化，利用西方的科学技术来取信于中国人，传布宗教的事业反而置于传布科学知识之后。故明末清初来中国的传教士，对于东西文化的交流贡献甚大。中西文化交流的极盛时期明末清初来华的传教士很多，有贡献者约九十余人，影响最大的，首推利玛窦、汤若望、南怀仁等。
利玛窦系意大利人，为耶稣会教士。耶稣会教士都是经过严格训练、学养极高的人士。利玛窦年少时即立志到中国传教，明神宗十一年（1583）他到广东肇庆学习华文华语，翻译欧洲数学、地理等科学类书籍，逐渐受人敬重。后来利玛窦来到北京，向明神宗进贡方物。明廷待他确很优渥，赏赐甚厚，并准其传教。朝廷的官吏，也多同他交往。
从此利玛窦遂安居北京，从事介绍西学、传教及翻译中国经典的工作。利玛窦死后十三年，日耳曼人汤若望入北京。汤若望精通天文，遂以译纂历书与制造天文仪器见重于朝廷。他积十余年的努力完成新历，以明亡而未被颁行。清入关后汤若望降清，备受清廷优待。他依西法制定的《时宪历》，亦被奉令予以颁行，一直沿用至清亡。明末清初百余年间，在中国主张吸收西方新知识的人士，如徐光启、李之藻等的合作下，传教士将西方的科学知识大量介绍到中国来，使明末清初成为中国历史上中西文化交流的极盛时期。
传入中国的西学中，以自然科学为最重要。那时所传入的天文学方面知识，计有：恒星与行星的差异，若干重要的恒星与行星的名字，四季的划分，昼夜长短的变动，日食、月食等天文现象的原理。西洋的几何、算术、代数等知识，亦于此时介绍到我国。明末政府为抗满人，由龙华民、汤若望监制铳炮。传教士便利用制造铳炮的技术以取得朝廷的重视，火器学得以传入中国。
明代复因财政困难，故传教士主张讲求水利灌溉与开采矿产，因之将西方的矿物学与水利学也介绍到中国来。清圣祖康熙时，复派传教士赴各省测绘地图，历时二十余年，成《皇舆全览图》一书，是中国历史上一件值得纪念的大事。欧洲的崇拜中国文化运动明末清末的中西文化交流是双向的。来华的传教士，一方面用西洋所擅长的科学知识赢得中国人的重视，一方面则努力吸取中国文化以传回祖国。
利玛窦最先将“四书”译成西文，寄回本国；柏应理于清康熙二十一年（1682）回到欧洲，曾以传教士之华文著作凡四百册呈献教皇。中国的古籍经典在当时几乎都有拉丁文的译本。中国的文学、美术，也经由传教士及商人介绍给欧洲人，于是在18世纪的欧洲掀起了疯狂崇拜中国文化的运动。17、18世纪欧洲的大思想家如莱布尼茨与伏尔泰，大文学家如歌德，大经济学家如杜尔哥与魁奈等人，都是受中国思想感染甚深之人。
