后来曹操大军南下征讨荆州，诸葛亮首次指挥刘备军队就取得“火烧博望坡”的胜利，继而又取得“火烧新野”的胜利。可惜，历史完全不是如此。诸葛亮出山后，史书上并没有记载刘备任命他为军师。实际上，那时军队里也没有这样的职务。刘备驻扎新野，自己尚且寄人篱下，哪能给诸葛亮什么样的官职呢？他只是作为一个宾客，为刘备参谋军事而已。
诸葛亮真正开始有职务，是在赤壁大战以后，刘备逐渐夺取了荆州的一些地盘，自己做了荆州牧以后，才任命诸葛亮做了个“军师中郎将”。而在此之前，他根本没有任何职务，不可能指挥刘备的军队，也就更谈不上什么“火烧博望坡”和“火烧新野”了。 据史书记载，即便是赤壁大战后长达十年的时间里，诸葛亮也从未指挥过任何一场战斗、率领过任何一支军队。
诸葛亮之所以伟大，并非一开始就被委以重任，然后一帆风顺、捷报频传。恰恰相反，在此后的十多年时间里，他一直从事一些并不显眼的基层工作，而且把它们做得很好，用自己出色的工作来赢得刘备和大家的尊重，最终担负起蜀国丞相的重要职务。 诸葛亮出使东吴结盟是顺理成章的，因为刘备帐下确实没什么文臣，还有就是诸葛亮的哥哥诸葛瑾正效力于东吴。
三国演义中写到诸葛亮一到东吴就遭到东吴以张昭为首的众谋士刁难，但是历史上不是这样的，张昭已经是当世名士没有必要和一个初出茅庐的小子争得面红耳赤，还有就是智激周瑜，三国演义中把周瑜描写成为一个嫉妒心强、心胸狭窄的人，这是多么不公平的，而历史上对周瑜的评价是心胸宽阔、气度不凡。还有就是当时候称：曲有误周郎顾，可见周瑜是一个能善于助人的人！还有就是周瑜本来就是主战派更本不需要诸葛亮的刺激。
据史书记载，诸葛亮在完成与东吴的结盟后就立即返回了，而不是三国演义中写到的滞留在东吴与周瑜共破曹操，就更加不会有“草船借箭”“借东风”等故事的发生了。赤壁之战曹操大败孙刘联军并没有追击，当然也不会有华容道等故事了。曹操退却后周瑜攻取了荆洲的战略要地江夏、南郡、刘备则率军攻取了江陵、武陵、长沙、桂阳、零陵。
曹军则继续保有襄阳，刘备夺取了五郡之后封诸葛亮为军师中郎将管理五郡税务征收工作，此后刘备从东吴借来了南郡，以图西川。刘备夺取西川后又封诸葛亮为军师将军负责西川的政物工作。 公元222年刘备建立蜀国封诸葛亮为丞相。公元223年蜀后主刘禅继位，诸葛亮被封武乡侯，领益州牧。他励精图治，赏罚严明，推行屯田政策，并改善西南各族与蜀汉的关系，有利于当地经济、文化的发展。
诸葛亮还修补了与东吴的关系，而在东吴给蜀国的和书中并没有称颂后主刘禅的文字一般来说都应该有的 这说明当时的蜀国诸葛亮的权利！蜀国放弃了自己国家一半的土地（荆洲）这需要承受的压力！可见诸葛亮当时在蜀国中的权利！ 修补与东吴的关系后可以放心平定南方叛乱。公元225年诸葛亮率军平叛，三国演义中写到诸葛亮率领50万大军南征是不现实的蜀国人口不过几百万不可能出动数量如此巨大的军队。
再者云贵都是交通相当不便利的地区，要供应50万军队粮草简直是天方夜谈，历史上诸葛亮只率领了2万人南征。 三国演义中写到诸葛亮对蛮王孟获七擒七纵这是不可能的，即使要收服人心但这未免伤亡太大 在那个冷兵器的时代杀敌一万自损三千已经是很了不起的了，不可能为了一个人拿2万士兵的生命做赌注，历史学界的认为是，诸葛亮大军所向披靡一路攻城掠地 一路打破孟获七个城池，这对于蜀军是相对简单的 蜀军拥有当时最先进的武器 冲车 投石车等，要攻破孟获的木头竹子所筑的城池是相对简单的可能其中有一两次抓到了孟获放了也是可以理解的。
最后孟获投降南方平定，诸葛亮没有按照演义中所说让孟获永镇南帮，而是把孟获和支持过叛乱的士绅调入成都。 南方平定诸葛亮可以安心北伐了 但后人对只出祁山不采纳魏延的出子午谷一直就有质疑 出子午谷是一个好计策但长安城池坚固不是一支小队伍能够打破的 即使打破长安魏国援军可以马上到达。而蜀军是不可能马上到达的 到那时攻破长安的蜀军必死无疑 诸葛亮不想拿一员大将来冒险，在大将相继谢逝的蜀国这是肯定的。
