四、元代的书院元代是金戈铁马的蒙古贵族的统治时期。元代统治者也积极组织书院，倡导蒙古人、色目人和汉人一起加入到书院建设者的行列，创造了"书院之设，莫盛于元"的历史记录。元朝统治者于窝阔台十一二年间，在燕京（今北京）创办太极书院，建周敦颐祠，以程颢、程颐、张载、杨时、游酢、朱熹六人配祀，选刻周氏遗书，礼聘江南大儒赵复在那里讲学。
而元代著名的书院就是紫金山书院。紫金山书院始建于元代，人才济济，以邢州五杰为代表，在全国极富盛名。其中以郭守敬成就最高。郭守敬在数学、天文、历法、水利诸多方面都有很高造诣。五、明代的书院明初，因为汉族恢复统治，提倡科举，重视官学，士人也都热衷于正统学业，书院受到冷落。明中叶后，因为科举越发僵化，官学有名无实，一些理学家为救治时弊，多立书院，授徒讲学，于是，书院兴盛起来。
当时书院讲学最为著名的是理学大师湛若水和王阳明。他们的弟子后学继续建立书院，聚徒讲学，于是，书院讲学之风盛行一时。正德元年，王阳明在兵部主事任上因卷入宦官刘瑾与科道官戴铣等人的政治斗争，而遭贬谪至贵州龙场任驿丞。这为他提供了一个潜心学术的大好机会，于是他埋头研究《易》，创建龙岗书院。正德四年，王阳明应邀在文明书院讲学，首倡"知行合一"之说，各方弟子纷纷前来求教。
除了龙岗书院、文明书院外，著名的还有东林书院。东林书院创建于北宋政和元年，明朝万历三十二年，由东林学者顾宪成等人重新修复并在此聚众讲学。他们倡导"读书、讲学、爱国"的精神，引起全国学者普遍响应。东林书院一时盛况空前，成为江南地区人文荟萃的地点和议论国事的主要舆论中心。书院的自由讲学与统治者的文化专制制度不相容，双方的矛盾越来越严重。
所以，从嘉靖、万历以后，朝廷先后四次下令禁毁书院。但是，因书院有广泛的社会基础和强大的生命力，很快又得以恢复。六、清代的书院清代是由女真族建立起来的封建王朝，它是中国历史上继元朝之后的第二个由少数民族统治中国的王朝，也是中国最后一个封建帝制国家，中国古代书院发展到清代也经历了一个历史性的变革。书院在清代总体上是没落的，但其中富有特色的还是不少。
在康熙七年，甬上证人书院由明清之际杰出的早期启蒙思想家、著名教育家黄宗羲在宁波创办。甬上证人书院没有固定的地址和讲学堂，非常像一个流动的讲学团体。在康熙三十三年，颜元前往漳南书院任教，但是因为漳水地区经常洪水泛滥，最终院舍被冲毁，颜元在漳南书院任教四个月之后就返归故乡。在嘉庆五年，阮元在杭州西湖以前编纂《经籍纂诂》时的50间旧屋里创立新型书院，取名为"诂经精舍"，并大胆进行书院改革。
