存在的一种情况是，虽然对方属于非法侵占你的承包地，但经过协商以后对方同意进行经济补偿承担侵权后果；同时国家监察部门考虑到违法的事实尚在可接受的范围，通过罚款后允许其补办手续继续是使用的。然后说他这个房子，既然属于违法侵占你的土地，某种程度上讲就可能属于违章建筑，违章建筑同样也是有可能是必须拆除的。
有承包合同、但被他人非法占用一部分建房的承包地怎么确权登记？
您好，很高兴回答您得问题。首先作为一个专门从事过土地确权的工作人员，我可以很负责任的告诉你，国家并没有文件要求按照原承包经营合同进行登记。相反从国家土地确权政策上来看，是主要提倡按实测面积确权的。特别对于采用原承包经营合同进行确权的，国家和地方各级政府都不能强加干涉必须按这种方式。采用原承包经营合同确权登记的，特别要求需要经过全体村民的三分之二以上讨论通过。
所以你说的文件是没有的，但你们问题是能解决的，继续往下看！承包地被非法侵占后如何确权？首先如果判定你被非法侵占的土地属于基本农田，那么没有任何商量的余地，对方必须无条件的拆除到位，这属于国土局监察大队负责管理。属于基本农田的话对方必须拆，你就全数确权即可。然后说他这个房子，既然属于违法侵占你的土地，某种程度上讲就可能属于违章建筑，违章建筑同样也是有可能是必须拆除的。
所以即使你的地可能不是基本农田，但是判断他属于违建，拆除复位承包地的话，同样你也可以全数确权。还存在的一种情况是，虽然对方属于非法侵占你的承包地，但经过协商以后对方同意进行经济补偿承担侵权后果；同时国家监察部门考虑到违法的事实尚在可接受的范围，通过罚款后允许其补办手续继续是使用的。那么在你得到相应的补偿后，对方依法缴清罚款后，你被侵占的部分土地面积就需要在承包地确权时进行扣除，也就是用你原承包经营合同的面积减去被侵占的土地面积就是最终的确权数字。
最后一种情况就是，对方拒绝承认非法侵占的事实，同时你又因为承包地被侵占明显减少不同意确权，说白了就是这个土地暂时是存在争议的。必须你把原始的承包地合同资料，必要时需要有村委会的证明，上交到乡镇土地所和国土监察大队，要求行政机关依法核实后对他的房屋“非法部分”给予强制拆除。同时考虑到如果对方拒绝承认并存在争议的，也考虑解决争议需要一个时间周期，可以特别向上级政府申请必须冻结他的房屋确权登记，否则又容易出现他把强行侵占的土地先一步宅基地确权，进而造成新的纠纷。
